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Text File  |  1995-03-04  |  2.7 KB  |  60 lines
  1. *******************************************
  2. * Glycosyl hydrolases family 6 signatures *
  3. *******************************************
  4.  
  5. The microbial degradation  of cellulose and  xylans requires  several types of
  6. enzymes such as endoglucanases (EC 3.2.1.4),  cellobiohydrolases (EC 3.2.1.91)
  7. (exoglucanases), or xylanases (EC 3.2.1.8) [1,2].  Fungi and bacteria produces
  8. a spectrum of cellulolytic  enzymes (cellulases)  and  xylanases which, on the
  9. basis of sequence similarities,  can be classified into families. One of these
  10. families is known as the cellulase family B [3] or as  the glycosyl hydrolases
  11. family 6 [4].  The enzymes  which are currently known to belong to this family
  12. are listed below.
  13.  
  14.  - Cellulomonas fimi endoglucanase A (cenA).
  15.  - Microspora bispora endoglucanase A (celA).
  16.  - Streptomyces halstedii endoglucanases A (celA1).
  17.  - Streptomyces strain KSM-9 endoglucanase 1 (casA).
  18.  - Thermomonospora fusca endoglucanase E-2 (celB).
  19.  - Trichoderma reesei exoglucanase II (CBH2).
  20.  
  21. One of the conserved regions in  these  enzymes  contains a conserved aspartic
  22. acid  residue  which is  potentially  involved [5] in the catalytic mechanism;
  23. the aspartate is  followed by a cysteine which is involved in a disulfide bond
  24. [6]. A second conserved region contains an aspartate which seems [5] to be the
  25. proton donor  in  the  catalytic mechanism.   We  have  used  both  regions as
  26. signature patterns.
  27.  
  28. -Consensus pattern: V-x-Y-x(2)-P-x-R-D-C-[GSA]-x(2)-[GSA](2)-x-G
  29.                     [D is a putative active site residue]
  30.                     [C is involved in a disulfide bond]
  31. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  32.  for celA1.
  33. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  34.  
  35. -Consensus pattern: [LIVMFY]-[LIV](3)-E-P-D-x-[LIV]
  36.                     [D is the active site residue]
  37. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  38. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 3.
  39.  
  40. -Expert(s) to contact by email: Beguin P.
  41.                                 phycel@pasteur.bitnet
  42.                                 Henrissat B.
  43.                                 bernie@cermav.grenet.fr
  44.  
  45. -Last update: June 1994 / Text revised.
  46.  
  47. [ 1] Beguin P.
  48.      Annu. Rev. Microbiol. 44:219-248(1990).
  49. [ 2] Gilkes N.R., Henrissat B., Kilburn D.G., Miller R.C. Jr., Warren R.A.J.
  50.      Microbiol. Rev. 55:303-315(1991).
  51. [ 3] Henrissat B., Claeyssens M., Tomme P., Lemesle L., Mornon J.P.
  52.      Gene 81:83-95(1991).
  53. [ 4] Henrissat B.
  54.      Biochem. J. 280:309-316(1991).
  55. [ 5] Rouvinen J., Bergfors T., Teeri T.T., Knowles J.K.C., Jones T.A.
  56.      Science 249:380-386(1990).
  57. [ 6] Gilkes N.R., Claeyssens M., Aebersold R., Henrissat B., Meinke A.,
  58.      Morrison H.D., Kilburn D.G., Warren R.A.J., Miller R.C. Jr.
  59.      Eur. J. Biochem. 202:367-377(1991).
  60.